Atalanta rrëzohet 0-2 në stadiumin Geëiss kundër Leipzig dhe përshëndet Europa League në çerekfinale. Lojtarët bergamaskë, që vinin nga 1-1 në ndeshjen e parë, vuajtën në pjesën e parë përballë gjermanëve që kaluan në avantazh në minutën e 18′ falë devijimit të Nkunku. Në pjesën e dytë, zikaltrit tentuan të dalin përpara, por gjermanët e mbajnë kontrollin dhe në minutën e 87 dyfishuan rezultatin me penallti, sërish me Nkunkun. Kështu, të besuarit e Domenico Tedescs fluturuan për në gjysmëfinale, ku do të përballen me një mes Braga dhe Rangers.
Ëndrra e Atalantës ndërpritet në stadiumin Geëiss. Në gjysmëfinale të Europa League shkon Leipzig i Domenico Tedescos: 2-0 për gjermanët në përfundim të ndeshjes dhe rezultati i përgjithshëm 3-1. Italianët pësuan golin e parë pas 18 minutash lojë me Nkunku që mposhti Musson dhe bergamaskët e ndjenë goditjen. Zikaltrit e Gasperinit tentuan të reagojnë por nuk arrijnë të finalizojnë. Hyrja në fushë e Muriel në pjesën e dytë shkundi Atalantën, por kjo nuk mjaftoi për të shembur murin e gjermanëve. E në finale, në minutën e 87, penalltia e realizuar nga Nkunku, shuajti të gjitha shpresat e Hyjneshës.